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- 全球首个! 华深智药完成单条序列蛋白质结构预测最后一块拼图
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2022-07-22
本文转载自网易新闻
7月22日,中国AI制药领导企业华深智药正式对外宣布,在AI和生命科学结合领域实现一个重大的突破,在蛋白质结构预测方面开发出全新技术OmegaFold。OmegaFold,这是全球范围内首个解决了已有计算机预测三维结构的模式,仅从单条蛋白序列就能预测出蛋白质的3D结构的算法,这在计算生物史上是一个程碑式的进展。

OmegaFold的出现让人类从此不依赖一个蛋白质必须在进化当中留有印记,就可以获知他的三维结构信息并进一步推断他的生物功能。这将大大拓宽了人类设计蛋白质的搜索空间和效率。在最近的全球持续蛋白质结构预测竞赛CAMEO和全球蛋白质结构预测竞赛CASP13/14的数据集上,OmegaFold从单条序列预测的结构分值远远超过了AlphaFold2以及RoseTTAFold,并且整体达到了或超越了AlphaFold2和RoseTTAFold的MSA版本的预测精度。
除了在CASP和CAMEO这些传统数据集上,Helxion团队还将视角聚焦到了AlphaFold2和RoseTTAFold的软肋:两类众所周知的缺乏蛋白质同源进化信息的蛋白质,一类是抗体蛋白质,另一类是所谓的孤儿蛋白质。其中抗体是人体免疫系统在抗原刺激下应激产生的,原理上就不会留有进化信息,一直是传统蛋白质三维结构预测软件的盲区。OmegaFold软件在这两类蛋白质上,尤其是抗体的关键功能区的结构预测上,取得了突破性的进展。这将给整个大分子制药领域带来前所未有的变革和机会。


Helixon团队还同时发现,仅仅通过氨基酸序列来预测三维结构,不仅减少了同源序列所带来的噪音,还能够提高训练和预测的计算速度,使得蛋白质结构可以在数秒内被预测完毕。

OmegaFold的出现补全了蛋白质三维结构预测的最后一块拼图,它有望和AlphaFold2一起携手彻底解决这一困扰人类长达半个世纪的难题。彭健博士相信这仅仅是一个开始。在他看来,除了已有的结构预测,未来蛋白间相互作用、以及蛋白质设计手段都将迅速被一批新的方法所颠覆。
作为深耕于AI+新药开发领域的重要参与者,华深智药是由清华大学智能产业研究院(AIR)孵化,致力于使用AI重构药物开发流程来提高新药研发速度和效率的企业。凭借行业领先的核心技术和独有的商业模式,华深智药近期获得了近5亿元A轮融资,本轮融资由五源资本领投,高榕资本、Neumann Capital以及三家天使轮投资方襄禾资本、高瓴创投、清智资本跟投。据了解,融资完成后,华深智药将继续扩大团队与商务开发,完善AI高性能计算能力,拓展高通量实验平台,并同时推进管线自主研发与对外合作。
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